検察側の主張は、自分自身を否定しているぞ

こんな感じだと思う。

1.逮捕出来ると確信して、マスコミを動員してのキャンペーンで悪質ハッカー逮捕劇を演出
2.裁判の中で、論旨が矛盾してoffice氏に翻弄される
3.FTPを持ち出して、FTPにパスワードがあったから不正アクセスと主張

FTPにパスワードがあったから不正アクセスとするなら、最初からそれを主張すべき。

なぜ途中から登場する?

それは、1.の逮捕時は、cgiの不正な使用だけで不正アクセスに持っていけると踏んでいたからでしょう。

つまり、逮捕したときの理由では有罪に出来ないから、あとで別の理由を持ってきた。
後出しジャンケンである。
法の判断に後出しジャンケンは許されない。これは法への冒涜じゃないか!